O EPI-MIS é um sistema abrangente baseado na Internet, concebido para melhorar a gestão do programa do PEI, abrangendo áreas essenciais como os recursos humanos, as infra-estruturas de saúde, a cobertura vacinal e a gestão da cadeia de frio. O sistema permite a comunicação em linha dos dados dos centros do PEI, facilita a introdução de dados transaccionais para a gestão das vacinas e automatiza a geração de relatórios e indicadores agregados a vários níveis. Os gestores podem aceder a relatórios e painéis de controlo perspicazes em qualquer altura, permitindo a avaliação do desempenho numa base diária, mensal, trimestral e anual. De um modo geral, o EPI-MIS melhora significativamente a eficiência e a eficácia dos programas de vacinação através das suas funcionalidades robustas de gestão de dados e de elaboração de relatórios, com um enfoque específico na vacinação/imunização e noutras áreas de saúde relacionadas.