L'initiative pharmaceutique au sein de l'AfCFTA cherche à établir un mécanisme centralisé de passation des marchés publics (CPPM) à travers un tableau de bord d'information, couplant des données socio-économiques clés. Elle a pour objectif principal de surmonter les défis liés à l'accès à des médicaments abordables en Afrique, tout en apportant un soutien aux gouvernements face à leur endettement croissant. L'initiative promeut également la production locale de médicaments, la mutualisation des achats et l'harmonisation des réglementations, afin de rendre effectifs l'ALEAC et l'AMA. De plus, elle vise à dynamiser le commerce intra-africain de produits manufacturés et à offrir une marge de manœuvre fiscale aux gouvernements, dans un environnement financier de plus en plus tendu. Les domaines de santé prioritaires incluent la santé maternelle et infantile, ainsi que la santé sexuelle et reproductive.