La implantación a escala nacional del NISUR se enfrentó a dificultades organizativas y técnicas. Entre los retos relacionados con los procesos incluían información sobre los recursos incompleta o desactualizada, niveles variables de alfabetización digital entre personal administrativo y la transición de un sistema de informes descentralizado a un sistema nacional unificado. Los retos técnicos se centraron en la integración de datos procedentes de múltiples sistemas de información heredados, garantizar la coherencia de los datos, estandarizar las estructuras organizativas y garantizar actualizaciones puntuales procedentes de los centros sanitarios de todo el país.

La exitosa puesta en marcha de NISUR contó con el firme apoyo del Ministerio de Sanidad, la colaboración activa con las organizaciones sanitarias y la adopción de modelos de datos nacionales estandarizados modelos de datos nacionales estandarizados para los recursos sanitarios. La formación continua de los usuarios, la gestión centralizada de los datos maestros y la integración con otros sistemas nacionales de información sanitaria mejoraron la calidad de los datos, fortalecieron planificación de recursos y permitieron una gestión basada en datos del sistema sanitario.